Considerato "uno dei migliori direttori rossiniani su piazza" (Enrico Girardi, Il Corriere della sera), Giovanni Battista Rigon approda alla direzione d'orchestra dopo anni di carriera internazionale come pianista del Trio Italiano. Inizia l'attività direttoriale alla guida de I Solisti dell'Olimpico, con i quali inaugura la stagione de I Concerti del Quirinale, in diretta su Radio Tre RAI, e con i quali viene invitato nelle stagioni di Musica Insieme di Bologna e dell'Unione Musicale di Torino. Nel 2004 debutta come direttore d'opera, con Bastiano e Bastiana di W. A. Mozart, cui fanno seguito l'anno successivo i Don Giovanni di Mozart e Gazzaniga. Nel 2005 dirige per la prima volta l'Orchestra di Padova e del Veneto, compagine con cui collabora da allora regolarmente. I suoi impegni si vanno via via intensificando, sia sul versante operistico che sinfonico, accompagnati da un costante successo di pubblico e dall'accoglienza particolarmente lusinghiera da parte della critica più qualificata. Nel 2006 inaugura il Festival della Valle d'Itria di Martina Franca, con la prima esecuzione moderna de I Giuochi di Agrigento, l'opera composta da Paisiello nel 1792 per l'apertura del Teatro La Fenice di Venezia, e nello stesso anno dirige Il flauto magico, nella storica versione italiana di Giovanni De Gamerra (Praga, 1794). Nel 2007 il debutto rossiniano con L'italiana in Algeri, per la regia di Damiano Michieletto e nel 2008 è nuovamente invitato a Martina Franca con Il Re pastore di Piccinni. Nel 2009 riprende per la prima volta la versione napoletana de Il turco in Italia, con Lorenzo Regazzo nel ruolo del titolo, e ritorna alla Cappella Paolina del Quirinale, ancora in diretta RAI, con l'Orchestra di Padova e del Veneto. A febbraio 2010 inaugura il Festival Al Bustan di Beirut con due concerti alla guida della Lebanon Philharmonic Orchestra. Su invito di Pier Luigi Pizzi, dirige a Seul Juditha Triumphans di Vivaldi, per la regia di M. Gasparon, con la Camerata Antiqua Seul. A maggio ritorna in Corea, all'Opera House del Seul Arts Center, per Semiramide di Rossini, questa volta per la regia dello stesso Pizzi. Nell'estate 2010 gli viene affidata una produzione al prestigioso festival tedesco di Bad Wildbad, uno dei punti di riferimento, assieme al ROF di Pesaro, per i melomani rossiniani di tutto il mondo.